Il était évêque de Magydos, dans le sud de l'actuelle Turquie, quand éclata la persécution de Dèce. Nombreux furent alors les chrétiens qui apostasièrent pour sauver leur vie. Craignant que ses fidèles n'en fassent autant, il leur conseilla de fuir et lui-même se laissa arrêter. Conduit devant le gouverneur, il s'entendit condamner: "Puisque tu préfères un homme crucifié à nos divins empereurs, toi aussi tu mourras sur une croix." Et saint Nestor fut crucifié. À Pergé en Pamphylie, l'an 250, la passion de saint Nestor, évêque de Magydos et martyr. Arrêté au temps de la persécution de l'empereur Dèce, il fut condamné à la croix par le gouverneur de la province, pour qu'il subisse le même supplice que celui qu'il reconnaissait comme le Crucifié.